序卷之一头目卷之二耳鼻舌卷之三口面项喉卷之四心神卷之五胸腹卷之六身卷之七背手足卷之八溺孔肛门
卷一第一证 伤寒脉证总论歌第二证 伤寒病证总类歌第三证 表证歌第四证 里证歌第五证 表里寒热歌第六证 表里虚实歌第七证 急救表里歌第八证 无表里证歌第九证 表里水歌第十证 表里两证俱见歌第十一证 三阴
叙卷上伤寒论难读并宜补大旨三阳三阴分经名义伤寒重病多是下焦伏寒伏寒触发与伤寒时温脉证并病机异同即病伏气直中传经四证异同晚发是伤寒正病两感有三水气凌心即是三焦伤伤寒杂病皆有之无端暴喘即是寒入命门伤寒杂病
序凡例卷之一医学或问中风附∶胃风伤寒卷之二瘟疫斑疹内伤中暑湿证燥证火热郁证痰饮咳嗽哮喘疟证霍乱泄泻卷之三痢呕吐噎膈HT逆吞酸嘈杂嗳气痞满肿胀积聚虚损劳极卷之四眩运头痛胃脘痛腹痛腰痛胁痛诸气疝气香港脚痛
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
脉象口诀歌
卷上第一问 精血以分男女之本源第二问 古法男子三十而娶女子二十而嫁第三问 妇人感病倍于男子第四问 何以谓之天癸第五问 何以谓之经候第六问 经候或前或后多寡不定第七问 月水根据时来不快利第八问 经水欲行
序一序二序三卷之一一辨气二辨色三辨舌辨传经夹血夹脾虚夹肾虚夹亡血夹疝夹心胃痛夹哮喘卷之二表证发热恶寒寒热往来头痛头眩头胀头重目胀项强酸背痛酸腰痛酸膝痛酸胫腿痛酸足痛肩臂痛酸腕痛周身骨节酸痛身重自汗盗汗
自序再自序合论诸书之得失以示初学之从违（四条）论读医书之难论诊病须知四诊论《景岳全书》论金匮肾气汤论倪涵初先生疟痢三方附录王子圣大归芍汤张洁古芍药汤附论噤口痢论吴又可《温疫论》（四条）论时邪论初诊用药
素灵微蕴序素灵微蕴卷一胎化解脏象解经脉解营卫解脏候解素灵微蕴卷二五色解五声解问法解诊法解医方解素灵微蕴卷三齁喘解吐血解惊悸解悲恐解飧泄解肠澼解脾胃解火逆解素灵微蕴卷四消渴解气鼓解噎膈解反胃解中风解带下