《仁斋直指》序卷之一总论五脏所主论五脏病证虚实论诸阴诸阳论血营气卫论脉病逆顺论男女气血则一论问病论论《易简方论》附∶原脉论（出《保命集》）附论五篇（出《丹溪心法》）附∶十二经脉歌火湿分治论虚实分治论附
伤寒论注释
明堂灸经
佛点头脉诀
序卷一脉诀辨惑论脉赋诊脉入式歌卷二心脏歌心脉见于三部歌心脉歌肝脏歌肝脉见于三部歌肝脉歌肾脏歌肾脉见于三部歌肾脉歌肺脏歌肺脉见于三部歌肺脉歌脾脏歌脾脉见于三部歌脾脉歌卷三七表八里脉总论七表脉交变略例论浮
卷一风癞论受病所在经络三十六疯六经分属大麻风蛇皮风脱跟风鱼鳞风邪魅风血风鹅掌风鼓槌风血痹风糕风痛风癫风半肢风软瘫风紫云风干风干风干风白癜风蚝风历节风壁泥风疹风哑风冷麻风漏蹄风蛤蟆风核桃风水风热风雁来风
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分第6部分第7部分
卷一九针原始歌九针式图并九针主治法歌行针次第手法歌行针分寸法歌十二经井荥俞经合原刺浅深歌五脏井荥俞经合歌六腑井荥俞原经合歌十二经表里原络总歌肺经表里原络穴主治歌大肠经表里原络穴主治歌脾经表里原络穴主治
总论时气（天时一）阴阳（天时二）地利（地利一）基址（地利二）十机（人事一）附∶小产论蓄外家（人事二）药食（论方）饮食（戒饮）男病（疾病一）女病（疾病二）附：衍庆编调经至言辨古续篇大意干道（蓄德一）坤道
序凡例卷上温病总论伤寒温病辨（四则）风温上焦篇风温中焦篇风温下焦篇卷下湿温上焦篇湿温中焦篇湿温下焦篇附温病治法要略附方