一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
养性延命录教诫篇第一食诫篇第二杂诫忌禳害祈善篇第三服气疗病篇第四导引按摩篇第五御女损益篇第六西山群仙会真记序识道识法识人识时识物养生养形养气养心养寿补内补气补精补益补损真水火真龙虎真丹药真铅汞真阴阳炼
咽喉大纲咽舌两经看症凡例治症秘诀用药秘诀各症形象主治歌喉症总论歌辨症总诀看症治法歌辨证用药歌喉症通剂歌舌症通剂歌牙症通剂歌喉症煎方歌喉科诸症煎剂歌喉舌牙三症煎方歌喉舌牙三症并牙疳煎方歌玉丹配法歌金丹配
书《玉机微义》后序兰室集·医家十要兰室誓戒戒行吟调鼎吟风火暑湿燥寒发热腹痛头痛腰痛胁痛心痛牙疼眼目泻痢疟（又名）咳嗽吐衄血溺血下血诸气漏淋小水不禁（详淋）喉痹诸疮漏疮疥风癣痔疮疮疝香港脚转筋痿内伤痰饮
弁言序调经门总论精血论养血论调气论辨色论多少论先期后期论居经论泄泻论身痛论痛经论经漏论不利论过期论经闭论枯血论血劳论血崩论痰气污血论杀血心痛论带下论白浊白淫论虚劳门冷劳热劳骨蒸劳血风劳胎前门总论胎前调
救自缢良方救溺死救冻死救五绝救诸伤伤眼耳中毒箭鸟枪伤汤火伤诸物咬伤救诸毒物性相反误食伤人水毒避蛊毒挑生毒吞鸦片烟毒野芋毒
祝由十三科
简介序受形本气平脉津润分体精血除疾审微辩书问子跋后序跋褚氏遗书后
制药法调经论胎前论胎前诸症胎前门主方加减活法胎前方诀产后产后门主方加减（载后）产后方诀万病回生丹治产后十八症乌金散治产后十八症黑虎丹治产后血症垂死者即生
脉法行经三忌恶阻论胞漏并小产论诸痛论胎逆上逼胀满子悬论诸血症论子肿子气子满论子烦并五心烦热及烦躁口干论子淋论转胞淋闭论子嗽论喘急论泄泻论霍乱论中恶中暑中湿中风论子痫论（一名子冒）痢论疟论伤寒温热时疫论