一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
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产宝诸方
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
缪序卷一一、卒尸二、痹三、？（痉）四、痿五、厥六、伤寒六经余证七、大头肿痛（附:蛤蟆瘟）蛤蟆瘟八、霍乱九、瘟病十、伤暑十一、疟十二、疸十三、劳（劳极 烦热 劳瘵）劳极烦热劳瘵卷二十四、热十五、吐衄下血
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分第6部分第7部分第8部分
原序苏沈内翰良方序一苏沈内翰良方序卷第一脉说苍耳说记菊记海漆记益智花记食芋记王屋山异草记元修菜记苍术记流水止水论脏腑论君臣论汤散丸论采药论橘柚论鹿茸麋茸论鸡舌香论金罂子论地骨皮论淡竹论细辛论甘草论胡麻
序卷上本经上品人参甘草黄白术苍术（附）薯蓣石斛酸枣仁大枣芡实莲实莲花（附）莲蕊须（附）莲房（附）莲薏（附）荷叶（附）荷鼻（附）薏苡仁大麻仁巨胜子赤箭干地黄麦门冬天门冬葳蕤牛膝杜仲枸杞枸杞苗（附）地骨皮
太阳证发热（长期低热）太阳证偏头痛（三叉神经痛）太阳证眩晕（美尼尔氏综合症）太阳证咳嗽支气管扩张急性肺炎太阳证哮喘太阳证刚痉（临产麻疹）太阳证柔痉太阳证风湿太阳证历节病（风湿性关节炎）太阳证风寒湿痹风
吴序恽序盛序程序自序凡例用药法程草部山草类人参丹参沙参元参苦参苍术白术甘草黄远志玉竹知母贝母秦艽白藓皮升麻柴胡前胡独活细辛防风羌活桔梗黄连胡黄连黄芩天麻龙胆草茅根延胡索地榆巴戟天肉苁蓉淫羊藿贯众金毛脊