序总论伤寒总诀治法太阳经伤寒太阳经伤风阳明经分在经在腑阳明经经病阳明经腑病少阳经主中宜和解三阴经分传经直中太阴经传经热症太阴经直中寒症少阴经传热症少阴经直中寒症厥阴经传经热症厥阴经直中寒症结胸血结胸痞
断死证秘诀秘受不治法受伤治法通用方秘传方附录验方四则
中风虚劳咳嗽失音肺痿呃逆吐血衄血便血哮喘痰饮痞疝积聚痹痿痉厥癫痫三消郁肿胀遗精淋浊呕吐噎膈吐蛔痛头风温热疫毒疹暑湿黄胆疟疾痢泄泻便闭五窍
叙一叙二叙三自叙卷上诸论辨正徐洄溪先生医者误人无罪论读王孟英治张养之久病伏邪医案论临症必先读书论治病当悉未病论烟痢宜通不宜塞论萝卜缨为治痢妙药论痰症随宜施治论治喉症宜分三大纲论喉症吹药论推摩法论治小儿
第1部分第2部分第3部分第4部分
广温疫论
医家小传伤风伤风转少阳证伤风转结胸证伤风汗多阳虚证伤寒夏令伤寒证（一）夏令伤寒证（二）冬令伤寒证冬令伤寒液少证湿温湿温化燥证产后湿温化燥证湿温肠出血证湿温夹食重证热病热病夹食重证热病神昏发厥证阳明热病
正文太虚理气天地阴阳歌五行质气生克制化歌运气合脏腑十二经络歌主运歌主气歌客运歌客气司天在泉间气歌运气分主节令歌五音主客太少相生歌五运齐化兼化六气正化对化歌六十年运气上下相临歌起主客定位指掌歌天符太乙天
虚劳总论虚劳脉法虚劳死候虚劳所宜及养生之法虚劳所忌饮食诸物虚劳选方保阴煎六味地黄丸左归丸左归饮回生丸清金散加味清宁膏噙化丸天王补心丹归脾汤逍遥散仲淳验方乳金丹坤髓膏白凤膏（自制）四圣丸卫生膏资生丸大黄
《滇南本草》序一《滇南本草》抄本跋《滇南本草》抄本后序重刊《滇南本草》序《滇南本草》序二第一卷石莲花木贼贯众七星草石苇白果松节、松笔头、松香、地盘松球侧柏叶玉兰花野棉花云连白芍、赤芍牡丹皮鸡头实荷叶藕