序卷上全论大法第一六经正义第二合并启微第三风寒辨惑第四温暑指归第五湿异同第六平脉准绳第七卷下大阳病解第一阳明病解第二少阳病解第三太阴病解第四少阴病解第五厥阴病解第六制方大法第七
自序凡例卷一阴阳水火气血论男女异同论脏腑病机论脉证死生论用药宜忌论本书补救论卷二吐血呕血咯血唾血咳血鼻衄脑衄目衄耳衄齿衄舌衄大衄零腥吐脓卷三汗血血箭血痣血瘙疮血创血跌打血卷四便血便脓尿血经血崩带产血卷
十二经补泻温凉引经药歌
医林琐语
自序新刻难经悬解叙卷上一难二难三难四难五难六难七难八难九难十难十一难十二难十三难十四难十五难十六难十七难十八难十九难二十难二十一难二十二难二十三难二十四难二十五难二十六难二十七难二十八难二十九难三十难
序序例第一案~第九案第十案~第十九案第二十案~第二十九案第三十案~第三十九案第四十案~第四十九案后记
旅舍备要方
治法总论用药歌血头行走穴道歌左右论药中禁忌穴名药名全身门第一头面门第二身中门第三脊背门第四腿足门第五金创门第六杖伤附通用门第七跌损妙方书后谨跋
脉法行经三忌恶阻论胞漏并小产论诸痛论胎逆上逼胀满子悬论诸血症论子肿子气子满论子烦并五心烦热及烦躁口干论子淋论转胞淋闭论子嗽论喘急论泄泻论霍乱论中恶中暑中湿中风论子痫论（一名子冒）痢论疟论伤寒温热时疫论
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一